Bafra, Cumhuriyetin kurulmasından bu yana idari teşkilatta Samsun ilinin büyük bir ilçesi olarak yerini muhafaza etmiştir.

Bafra'nın tarihi M.Ö.5000 yıllarına kadar uzanmaktadır. İkiztepe ören yerinde yapılan araştırmalarda kalkolitik döneme (m.ö. 5000-4000) ait yerleşmelerin izine rastlanmıştır. İkiztepe ören yerinde M.Ö.4000 yıllarından M.Ö.1700 yıllarına kadar 2300 yıl boyunca sürekli yerleşim yapıldığı anlaşılmıştır. Burada eski tunç çağı (M.Ö.3000-2000) ve erken Hitit (M.Ö. 1900-1800) dönemin kültürlerinin izlerini taşıyan çok sayıda eser ve kalıntı bulunmuştur. M.Ö.670 yıllarında Paflagonların'da Kızılırmak vadisinde yaşadıkları bilinmektedir.

M.Ö. 6.yy.da Lidyalıların eline geçen bölgeyi M.Ö.546 da Persler istila etmiştir. Ikiz tepede Helenistik döneme (M.Ö.330-30) ait bir anıt mezar da bulunmaktadır.

Bu bölge M.Ö. 47 de önce Roma,sonra da Bizans egemenliğine girmiştir.

1071 Malazgirt savaşından sonra Selçukluların eline geçen Bafra'ya 1214 yılında Anadolu Selçuklu Hükümdarı İzzettin Keykuvas Türkmen aşiretlerini yerleştirmiştir. 1243'te başlayan Moğol istilaları Selçuklu İmparatorluğunun yıkılması ve Türk Beyliklerinin kurulmaya başlamasına neden olmuştur. Işte bu dönemde bölgede küçük bir Selçuklu beyliği olan BAFRA BEYLİĞİ kurulmuştur.

1640'ta ise Bafra Osmanlı hakimiyetine girmiştir.

Bafra adının: Kızılırmağın denize açıldığı yerde, (M.Ö. 521 yıllarında Fenikeliler zamanında) ticaret gemilerinin yanaştığı koylara kurulan, ticaret evlerine, Bafira denilmesinden geldiği sanılmaktadır.

Bafra ilçesi Osmanlı İmparatorluğu devrinde Trabzon iline bağlı Canik sancağına ait bir yerdi. Hangi tarihte kaza olduğu kesin bilinmemektedir. Salname kayıtlarına göre 1854 yılı sonlarına da kaza merkezi olduğu anlaşılmaktadır. İmparatorluk zamanında 1876 harbinden sonra kırımdan Bafra'ya çok sayıda Türk gelmiştir. Daha sonraları çıkan Balkan ve I.Dünya savaşları Türk halkının azalıp, fakirleşmesini, azanlık olmalarına rağmen Rum ve Ermenilerin İktisadi hayatı ellerine geçirip zenginleşmelerini sağlamıştır. Bundan dolayı cesaretlenerek Rum Pontus İmparatorluğunu kurma hevesine kapılan ermeni ve Rumlar Mavri Mira cemiyetini kurmuşlardır.

Fakat 1919 da Milli mücadelenin başlamasıyla bu amaçları gerçekleşememiş, daha sonra da Batı Trakya da ki Türklerle değiştirilmişlerdir.